La vita di Mikan, una bimba di 10 che vive in un paesino del nord del Giappone insieme al suo nonnino, scorre tranquilla e pacifica tra scuola, amici e i divertimenti di quell’età. Un brutto giorno però Mikan scopre che la sua migliore amica Hotaru si trasferirà presto in una scuola privata a Tokyo, e non potranno più vedersi per chissà quanto tempo. Giunge il giorno della partenza e le due amiche si danno un ultimo saluto (e che saluto XD), e promettono di scriversi presto.
I mesi passano, e Mikan ormai non ha più notizia della su amica ; dopo sei mesi ha ricevuto solo una misera cartolina. E così, preoccupata per le sorti di Hotaru, Mikan decide di scappare e andare a Tokyo per vedere cos’è successo alla sua amica. La piccola giunge a Tokyo: stupita dalla grande città, si rende conto che non sa nemmeno da che parte andare XD. Viene fermata da un gruppo di ragazzini che sembrano non avere buone intenzioni, a fortunatamente, Mikan viene salvata da un giovane dall’aria equivoca.
Il giovane in questione è Nerumi, insegnate della prestigiosa Accademia Alice, una accademia speciale frequentatala persona che possiedono doti particolari , la stessa dove è iscritta anche Hotaru Mikan non capisce molto bene cosa intende Nerumi con “doti speciali”, ma è comunque felice di aver finalmente trovato la sua amica. Nerumi le propone allora di entrare anche lei nell’ Accademia! Come mai questa strana richiesta? lo scopriremo in seguito^^.
Mentre i due parlano dell’Accademia, vengono attaccati da un ragazzino che indossa una maschera a forma di gatto, che dopo aver causato un’esplosione, sta scappando. Il ragazzino in questione è Natsume, anche lui membro dell’Accademia Alice, dotato del pericoloso potere del fuoco. Natsume si scaglia contro Mikan, ma viene prontamente fermato dall’intervento di Nerumi, che gli fa perdere i sensi. Arrivata finalmente all’ Accademia,Mikan ha finalmente modo di incontrare Hotaru, che però l’accoglie freddamente.
Mikan non capisce come mai l’amica sia così fredda con lei, ma il loro incontro è interrotto da Nerumi sensei, che rivela a Mikan che anche lei possiede un’Alice, e dunque, potrà essere ammessa all’Accademia. L’alice di Mikan è, infatti, molto raro e particolare: è quello dell’annullamento, che la rende immuni dagli effetti di tutti gli altri Alice.
Inizia per Mikan una nuova avventura in questa strana scuola, dovrà affrontare non pochi problemi per essere accettata e fare amicizia con i suoi compagni…e vedersela soprattutto con Natsume ^^.